新疆第二醫學院有基礎醫學院、臨床醫學院、藥學院、公共衛生學院、中醫學院、口腔醫學院、護理學院、生物醫學工程學院、馬克思主義學院、全科醫學院等學院，以下是具體名單一覽表，供大家參考，如有變動，以學校最新公布的信息為準。

1、學院設置

基礎醫學院

臨床醫學院

藥學院

公共衛生學院

中醫學院

口腔醫學院

護理學院

生物醫學工程學院

馬克思主義學院

全科醫學院

健康管理學院

語言文化部

體育教學部

2、新疆第二醫學院簡介

新疆第二醫學院（XinJiang Second Medical college）是一所以醫學類為主，理學、管理學等多學科協調發展，公辦本科層次醫學類普通高等學校。學院坐落于我國重要的石油石化工業基地——新疆克拉瑪依市，定位于應用型高等學校，主要培養區域經濟社會發展所需要的高素質應用型、技術技能型人才。

原新疆醫科大學厚博學院于2003年5月6日在烏魯木齊獲準成立，2004年2月5日由國家教育部教發函〔2004〕13號文件確認，是由新疆醫科大學舉辦的、充分依托大學優質教育資源和辦學優勢建設發展的獨立學院。2012年12月6日，克拉瑪依市委市政府與新疆醫科大學共同簽訂了合作建設新疆醫科大學厚博學院協議書。2015年9月新校區落成，學院正式搬遷至克拉瑪依市。2021年經教育部同意，新疆醫科大學厚博學院轉設為新疆第二醫學院，學校標識碼為4165013560，同時撤銷新疆醫科大學厚博學院的建制。