福建生物工程職業技術學院有馬克思主義學院、中藥系、藥學系、健康食品系、康復保健系、健康管理系等院系，以下是具體名單一覽表，供大家參考，如有變動，以學校最新公布的信息為準。

1、院系設置

馬克思主義學院

中藥系

藥學系

健康食品系

康復保健系

健康管理系

公共基礎部

2、福建生物工程職業技術學院簡介

福建生物工程職業技術學院（Fujian Vocational College of Bio-engineering）是一所隸屬福建省教育廳，以培養生物醫藥、健康食品、康復養護、醫學技術、健康管理高級技術技能人才為主的公辦全日制高等職業院校。

學校前身是創辦于1980年5月的福建醫藥學校；2005年5月組建為福建生物工程職業技術學院。學校是中國醫藥教育協會中醫藥技術傳承專業委員會主任委員單位、全國食藥行指委技能競賽工作委員會主任委員單位，是全國首批“現代學徒制”試點學校、“1+X”老年照護職業技能等級證書試點學校，是“金陵康復醫學教育聯盟”成員，是全國中醫藥保健服務國家標準研發及專業人才培訓基地。