民航局直屬高校共有4所，分別為中國民航大學、中國民用航空飛行學院、上海民航職業技術學院、廣州民航職業技術學院。

中國民航大學簡介：

中國民航大學（Civil Aviation University of China）是中國民用航空局直屬的一所以培養民航高級工程技術和管理人才為主的高等學府，是中國民用航空局、天津市人民政府、教育部共建高校，是教育部第二批“卓越工程師教育培養計劃”高校、天津市高水平特色大學建設高校，首批入選國家級大學生創新創業訓練計劃、國家級新工科研究與實踐項目，國際航空認證委員會教育會員，國際民航組織升級版航空培訓計劃正式會員，CDIO工程教育聯盟成員單位，具有推薦優秀應屆本科畢業生免試攻讀研究生資格高校。

中國民航大學前身是1951年9月成立的軍委民航局第二民用航空學校，1956年更名為中國人民解放軍第十四航校，1958年更名為中國民用航空高級航空學校，1963年重組為中國民用航空機械專科學校，1977年更名為中國民用航空專科學校，1981年更名為中國民用航空學院，2006年5月30日，更名為中國民航大學。

中國民用航空飛行學院簡介：

中國民用航空飛行學院簡稱中飛院（CAFUC），位于四川省廣漢市，是中央部屬高校，由中國民用航空局直屬，入選聯合國重點推廣的“MPL”課程試點單位、四川省“雙一流”建設計劃。是全球辦學規模最大的飛行培訓機構，是世界上規模最大的以飛行訓練為主的學校，建校以來，中飛院已為中國民航培養了70%的飛行員、80%的機長、90%的功勛飛行員和100%的特級飛行員，被譽為中國民航飛行員的“搖籃”、中國民航管理干部的“黃埔”。

前身是創建于1956年的中國民用航空局航空學校，同年9月，更名為中國人民解放軍第十四航空學校，后又以中國民用航空高級航校、中國民用航空飛行專科學校為校名。1987年11月，升格為本科院校，更名為中國民用航空飛行學院。