昆明醫科大學海源學院有馬克思主義學院、第一臨床醫學系、第二臨床醫學系、口腔醫學系、護理學一系、護理學二系、藥學系、醫學技術系、公共衛生系、文理系等院系，以下是具體名單一覽表，供大家參考，如有變動，以學校最新公布的信息為準。

1、院系設置

馬克思主義學院

基礎教學部

第一臨床醫學系

第二臨床醫學系

口腔醫學系

護理學一系

護理學二系

藥學系

醫學技術系

公共衛生系

文理系

2、昆明醫科大學海源學院簡介

昆明醫科大學海源學院，由原昆明醫學院與昆明富達發展實業（集團）有限公司于2001年6月聯合創辦。2001年7月開始首屆招生，2003年9月實現自主招生。2004年1月通過國家教育部首批審核，確認為獨立學院,是云南省唯一一所高等醫藥衛生類本科獨立學院。

學院現有高新、楊林兩個校區。高新校區坐落于舉世聞名、風光秀麗的春城 — 云南省昆明市國家高新技術產業開發區內，西鄰名勝古跡筇竹寺與海源寺風景區，南與美麗的高原明珠滇池遙遙相望。校園新穎漂亮，綠草茵茵、花木悅人，是昆明市政府授予的“昆明市園林式單位”。