牡丹江醫科大學有基礎醫學院、醫學影像學院、藥學院、口腔醫學院、衛生管理學院、護理學院、公共衛生學院、馬克思主義學院、生命科學學院（醫藥研究中心）等學院，以下是具體名單一覽表，供大家參考，如有變動，以學校最新公布的信息為準。

一、學院設置

基礎醫學院

醫學影像學院

藥學院

口腔醫學院

衛生管理學院

護理學院

公共衛生學院

馬克思主義學院

生命科學學院（醫藥研究中心）

體育教研部

外語教研部

二、牡丹江醫科大學簡介

牡丹江醫科大學位于黑龍江省牡丹江市愛民區，是黑龍江省屬普通本科醫藥院校，是黑龍江省特色應用型本科高校建設單位、中國全國首批卓越醫生教育培訓計劃項目試點高校，2015年在教育部臨床醫學專業認證中獲得了6年有效期。

學校由1946年始建的牡丹江專區醫院、1956年始建的黑龍江省衛生干部進修學校于1958年共同創建，歷經了牡丹江醫學院（1958—1962年）、牡丹江衛生學校（1962—1978年）、牡丹江醫學專科學校（1978—1986年）、牡丹江醫學院（1986年—2024年）、牡丹江醫科大學（2024年—)等歷史時期，2013年獲得碩士學位授予權。2024年5月，教育部同意牡丹江醫學院更名為牡丹江醫科大學。