牡丹江醫學院是黑龍江省屬普通本科醫藥院校，是黑龍江省特色應用型本科高校建設單位、中國全國首批卓越醫生教育培訓計劃項目試點高校，2015年在教育部臨床醫學專業認證中獲得了6年有效期。

學校由1946年始建的牡丹江專區醫院、1956年始建的黑龍江省衛生干部進修學校于1958年共同創建  ，歷經了牡丹江醫學院（1958—1962年）、牡丹江衛生學校（1962—1978年）、牡丹江醫學專科學校（1978—1986年）、牡丹江醫學院（1986年—）等歷史時期，2013年獲得碩士學位授予權。