濟寧醫學院有基礎醫學院、第二臨床醫學院、護理學院、馬克思主義學院、法醫學與醫學檢驗學院、中西醫結合學院、康復醫學院、國際教育學院、臨床醫學院、公共衛生學院等學院，以下是具體名單一覽表，供大家參考，如有變動，以學校最新公布的信息為準。

1、太白湖校區學院設置

基礎醫學院

第二臨床醫學院

護理學院

馬克思主義學院

法醫學與醫學檢驗學院

中西醫結合學院

康復醫學院

國際教育學院

2、任城校區學院設置

臨床醫學院

公共衛生學院

精神衛生學院（精神醫學研究院）

口腔醫學院

3、日照校區學院設置

藥學院

醫學信息工程學院

管理學院

生物科學學院

外國語學院

4、高新區科教園學院設置

醫藥工程學院