牡丹江的大學排名第一的是牡丹江師范學院，排名第二的是牡丹江醫學院，排名第三的是黑龍江農業經濟職業學院，以下是具體榜單，供大家參考。

1、牡丹江師范學院

牡丹江師范學院（Mudanjiang Normal University），簡稱牡師院，位于牡丹江市，是國家級語言文字規范化示范校、黑龍江省東南部地區教師教育研究中心、基礎教育研究中心和繼續教育培訓中心、黑龍江省對俄經貿人才培養基地。

2、牡丹江醫學院

學校由1946年始建的牡丹江專區醫院、1956年始建的黑龍江省衛生干部進修學校于1958年共同創建，歷經了牡丹江醫學院（1958—1962年）、牡丹江衛生學校（1962—1978年）、牡丹江醫學專科學校（1978—1986年）、牡丹江醫學院（1986年—）等歷史時期，2013年獲得碩士學位授予權。

3、黑龍江農業經濟職業學院

學院始建于1958年，前身是東北農學院牡丹江分院，本科建制；1962年轉設為中專；2002年2月經省政府批準，成立黑龍江農業經濟職業學院。2008年，學校被財政部、教育部確立為國家示范性高等職業院校建設單位。2016年8月，入選第二批國家現代學徒制試點單位。2019年12月，被教育部、財政部列入第三類高水平專業群建設單位（A檔）。

4、黑龍江幼兒師范高等專科學校

學校的歷史可以追溯至1906年清政府在寧古塔兩等小學附設的師范學堂，后經寧安師范學校、牡丹江幼兒師范學校和牡丹江師范學校三所學校合并而成。2006年3月23日省高校設置評議委員會高票通過，黑龍江省人民政府于2006年4月30日致函國家教育部，申請建立黑龍江幼兒師范高等專科學校。

5、牡丹江大學

牡丹江大學（Mudanjiang University），坐落在黑龍江省牡丹江市，始建于1983年，是經黑龍江省人民政府批準，教育部備案，由牡丹江市人民政府主辦的一所綜合類全日制普通高等專科學校。

1983年7月，黑龍江省高教局批復同意成立牡丹江大學。1984年8月，牡丹江大學與市行政干校合并。1985年8月，學校新教學樓峻工，有了自己的校舍，告別了委托辦學、借地辦學、聯合辦學的歷史。1986年6月，牡丹江市政府決定將市直機關職工大學并入牡丹江大學。1991年5月，牡丹江市廣播電視大學并入牡丹江大學 。2012年11月15日，牡丹江大學申請升格為應用型本科院校被黑龍江省省政府批準列入國家“十二五”計劃 。2019年8月5日，牡丹江大學醫護學院成立暨揭牌儀式在牡丹江市衛生學校舉行，該學院的成立結束了牡丹江無醫護高等專科的歷史。

6、黑龍江林業職業技術學院

7、黑龍江商業職業學院

黑龍江商業職業學院（Heilongjiang Vocational College of Commerce），坐落于黑龍江省牡丹江市，是一所公辦全日制普通專科院校，是教育部“1+X”證書制度試點院校、黑龍江省商務管理應用人才培養基地、黑龍江省級高技能人才培訓基地。