安徽醫科大學臨床醫學院是2003年由安徽醫科大學創建，是經國家教育部和安徽省人民政府批準設立的獨立學院；是安徽省納入第二批本科錄取的全日制普通高等教育本科院校。 

學院秉承安徽醫科大學90余年的文化傳統和辦學理念，堅持“以教學為中心，以學生為主體”的辦學宗旨，堅持“需求導向、錯位爭先、醫教協同、特色發展”的發展思路。2017年11月遵照教育部26號令要求，由安徽醫科大學與安徽新華集團投資有限公司合作舉辦，是按新機制和新模式運行的本科高校。2019年，獨立學院轉設納入教育部十三五規劃。 2021年3月，學院轉設方案經省教育廳上報教育部審批。