克孜勒蘇職業技術學院有醫護工程系、工業工程系、農經工程系、教育藝術系、文化旅游系、公共基礎部、繼續教育部、馬克思主義學院等院系，以下是具體名單一覽表，供大家參考，如有變動，以學校最新公布的信息為準。

1、院系設置

醫護工程系

工業工程系

農經工程系

教育藝術系

文化旅游系

公共基礎部

繼續教育部

馬克思主義學院

2、克孜勒蘇職業技術學院簡介

克孜勒蘇職業技術學院(Kizilsu Vocational Technical college),是2018年10月經新疆維吾爾自治區人民政府批準并報教育部備案正式成立的。

前身是克州中等職業技術學校，由創建于上世紀的克州師范學校、克州農業學校、克州衛生學校、克州農機學校、克州職業高中、克州財貿學校、克州教師進修學校和克州技工學校等8所學校整合而成的一所綜合職業院校，也是全國最具有柯爾克孜特色的職業學院。