中國藥科大學有藥學院、中藥學院、生命科學與技術學院、國際醫藥商學院、理學院、工學院、基礎醫學與臨床藥學學院、外國語學院、馬克思主義學院、生物藥物學院等學院，以下是具體名單一覽表，供大家參考，如有變動，以學校最新公布的信息為準。

1、院系設置

藥學院

中藥學院

生命科學與技術學院

國際醫藥商學院

理學院

工學院

基礎醫學與臨床藥學學院

外國語學院

馬克思主義學院

生物藥物學院

孟目的學院

現代制藥產業學院

國際教育學院

繼續教育學院

2、中國藥科大學簡介

中國藥科大學（China Pharmaceutical University）位于江蘇省南京市，是中華人民共和國教育部直屬的多科性重點大學，是國家“世界一流學科建設高校”、國家“211工程”和“985工程優勢學科創新平臺”建設高校，入選國家“111計劃”、教育部“卓越工程師教育培養計劃”、國家大學生創新性實驗計劃、國家級大學生創新創業訓練計劃、國家建設高水平大學公派研究生項目、國家級新工科研究與實踐項目、全國高校實踐育人創新創業基地、中國政府獎學金來華留學生接收院校，中美藥學院校聯盟牽頭單位。

中國藥科大學始建于1936年，原名國立藥學專科學校（本科四年制）。1937年遷往漢口，1938年遷往重慶，1946年回遷南京。1950年更名為華東藥學專科學校。1952年，齊魯大學藥學系和東吳大學藥學專修科并入學校，成立華東藥學院。1953年，中南衛生專科學校藥劑專修科并入學校。1956年更名為南京藥學院。1986年與籌建中的南京中藥學院合并，成立中國藥科大學。2000年，學校由國家藥品監督管理局整體劃轉教育部管理。2001年，江蘇省藥科學校并入學校。