農業工程發展成一門學科，是在20世紀70年代,而作為一種工程技術則有久遠的歷史。它經歷了3個發展階段：在原始農業工程階段，農具以石、木、貝殼為材料制作，舍飼等建筑物的結構十分簡陋，農田的開發和整治剛剛起步，排灌設施也很簡單。傳統農業工程始于公元前 400年前后，主要特征是普遍使用了鐵制畜力農具。1910年內燃拖拉機問世，標志了現代農業工程的開始。

農業工程的內容，在20世紀60年代前主要包括農業動力和機械、農業建筑、農田排灌和水土保持、農業電氣化等4大分支。60年代后,又增加了食品工程、農村能源工程、土地利用工程和農業生產環境工程等內容。但中國和歐洲國家的發展重點各有不同。中國的農業結構自古以種植業為主，因此，在農業工程中優先發展與此有關的農業機具、土地規劃和土地治理、農田水利和水土保持、農產品加工及貯藏，其目的是為了保證種植業的發展和農產品的利用。歐洲的農業自古以畜牧業為主，人的食物構成也以肉食為主，輔以谷物。因此，優先發展的是畜禽舍、越冬飼料倉庫、青貯塔、畜產品加工貯藏等農業建筑以及各種農業機具。